1945. aastal asutas põllumajandusministeerium Polli Aianduse ja Mesinduse Uurimisinstituudi, millest praeguseks on saanud Eesti Maaülikooli Põllumajandus- ja keskkonnainstituudi Polli aiandusuuringute keskus. Alguses tehti ka köögiviljakasvatuse ja iluaianduse katseid. Praegu toimub Pollis ainult puuviljanduse alane uurimistöö.
Esimeseks direktoriks määrati väljapaistev aiandusteadlane põllumajandusteaduste doktor Aleksander Siimon (1900 – 1970), kes juhtis teadusasutust kuni 1968. aastani. Poliitiliste süüdistuste tõttu oli ta 1950 – 1956 sellelt kohalt tõrjutud ja töötas siis vanemteadurina. Hilisemad direktorid on olnud põllumajandusteaduste kandidaadid Edgar Haak (1968 – 1992) ja Toivo Univer (1995 – 2003). Nendele järgnesid Ave Kikas (2003 - 2012), Kersti Kahu (2012 - 2015) ja Piia Pääso (2015 -).
Polli Aiandusuuringute Keskus paikneb Polli külas, mis kunagi kuulus Liivi ordu Karksi lossi valdustesse. Põhjasõja järel moodustati Pollis omaette mõis. Iseseisva Eesti riigi tekkimisega mõis riigistati. 1920. aastal paigutati mõisahoonesse tegevust alustanud Polli põllutöökool, milles 1929. a. avati aiandusklass. 1935. a. moodustati kolmeaastase õppeajaga Polli põllutöö- ja aiamajanduskool. Sõja järel töötas siin kuni 1947. aastani kaheaastase õppeajaga Polli aiandustehnikum, jagades ruume uue teadusasutusega. 1974. aastal sai mõisapargi kõrval valmis uus teadushoone.